Nadia El-Mabrouk et son équipe, le laboratoire LBIT, ont développé Synesth, un outil de super-réconciliation : la fusion d'arbres de gènes et d'arbres d'espèces en une histoire évolutive globale, pour mieux comprendre comment les gènes évoluent d'une espèce à l'autre.
Même parmi les histoires Pareto-optimales, il peut y en avoir un milliard ou plus, bien trop pour les montrer à un utilisateur. Mon projet consistait à ne renvoyer que des solutions « représentatives », ce qui demandait d'abord de définir ce que représentatif veut dire - une approche proche de la recherche opérationnelle et de l'optimisation.
Commencé comme projet de cours à option à la session d'hiver 2024, il s'est poursuivi de mai à juillet avec les simulations validant l'approche et la préparation de l'affiche présentée à ISMB 2024.